审计中发现的主要问题包括，工程开工率和竣工率较低，截至10月初，全省校安工程开工面积1361万平方米，占规划改造校舍总面积的85.3%；竣工面积1075万平方米，占规划改造校舍总面积的67.4%。开工率在全国排21名；工程进展缓慢，其中息县、光山、南乐、范县、内黄等多地分别有1至15个项目尚未开工，新郑市2011年有34个新建项目7个加固项目尚未实施；项目资金拨付不及时，其中南阳市2011年中央校舍安全工程部分专项资金、周口市太康县2011年配套资金均未到位，濮阳市资金使用率仅为44.86%；项目未公开招标，具体有南阳市方城县个别项目未公开招标便与施工单位签订合同，商丘市部分项目未对监理单位进行公开招标。

　　此外，审计发现的问题还有，部分地区挪用“两免一补”资金用于县级配套，行政事业性收费未减免，办理竣工验收、决算手续不及时，工程专项资金未实行统一核算管理等共计九个方面的问题。