东南大学医学院基因高通量测序服务招标公告
项目名称:医学院基因高通量测序服务
项目地点:东南大学丁家桥校区
项目概况:
采用Agilent芯片富集技术对约1500个样本进行基因进行富集,富集产物采用illumina高通量二代测序仪进行测序后分析突变位点信息,对于初步分析获得的候选基因突变位点进行一代测序验证以及正常人群频率验证,并对这些候选基因进行外显子缺失重复/基因拷贝数检测。综合上述实验数据,分析获得中国人群抑郁疾病发病相关基因以及用药后参与药物代谢的靶基因和相关位点。
公司提供的方案(概要):芯片富集,二代测序,数据分析,30个候选基因的150个突变位点的一代测序验证以及在500个对照个体中的频率验证;30个候选基因约1500个样本的外显子缺失重复检测。
要求:
1, 采用Agilent SureSelect定制富集芯片进行目的基因区域富集;
2, 采用illumina二代测序平台产生数据;
3, 每个样本的Q30测序数据80%以上,总数居量平均测序深度至少200x,90%以上的样本的有效测序深度至少50x及其90%以上的目标片段覆盖深度>2x;
4, 投标人应该具有至少完成5个以上大样本(>500个)目标基因Agilent SureSelect定制芯片富集高通量二代测序突变数据分析经验;
5, 投标人应该具有完整合法的经营资质,必要的二代测序平台体系,专业的生物信息分析团队以及严格的实验质控体系和实验环境;
6, 投标人在SNP分型以及CNV检测方面具有丰富的实验经验以及可靠的实验技术平台,对于CNV检测需要达到单个外显子缺失重复突变精确检测的能力;
投标单位条件
1.报名单位需要具有illumina二代测序实验体系,并有Agilent芯片富集大样本量分析的服务经验(提供合同复印件,原件备查)
2.法人营业执照副本(经营范围含基因测序服务)
3.税务登记证副本
4.组织机构代码证
上述文件报名时须提供一套原件的复印件并加盖公章(请在封面注明:项目名称、公司信息、联系人、联系电话),另备一套放在投标文件中。
报名及资格预审截止时间:2015年1月29日下午4:00。
报名及资格预审材料送审地点:南京市四牌楼2号东南大学河海院一楼招投标管理办公室105
联系电话:02583795585
东南大学招投标管理办公室
2015-1-23
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