目前，各级财政部门将政府采购监督检查纳入日常财政监督的重要内容，逐步使政府采购监督检查步入法制化、常规化轨道。但若想切实有效地履行政府采购监督检查职责，财政部门仍需要突破一些难题：
 
　　内容上存在片面性

　　从监督检查的范围来看，当前的财政监督仍局限于财税政策、财经纪律、会计信息质量情况等，对政府采购活动的运行过程的监督检查留有“空档”，形成空白。从监督检查的对象来看，财政监督仅着眼于对采购单位的财务收支活动，而对采购单位的采购活动、供应商、采购代理机构的监督检查存在“盲区”。从监督检查的重点来看，财政监督只是针对财政收支情况进行的资金监管，而对政府采购项目的立项、政府采购预算的编制与批复、政府采购计划的上报及批复、采购方式的确定、公告信息的发布、采购文件的制作、评审委员会的组建到评标、中标成交供应商的确定，乃至采购合同的签订与履约验收、采购资金结算等多个环节的程序性监管却很少触及。
 
　　时限上偏重事后性

　　一是以事后监督检查为主。当前的财政监督依然在一个或者两个会计年度终了以后，才对预算单位以前年度采购情况进行检查查处，通常是“秋后算账”，对事前、事中监督检查少。二是对政府采购投诉事项的检查、核实、处理，一般也是在供应商合法权益受到损害之后进行的，违法违规活动已成事实。作为政府采购监督检查，不是特指某一阶段，不能局限于某一个特定的时间段，必须常抓不懈，始终贯穿于整个政府采购活动的全过程，实施日常的跟踪监督，注重监督实效，才能保证政府采购效果。

　　方式上呈现单一性

　　一是突击性检查多。往往是在针对某个单位发生了违法违规行为后，进行突击检查，由于时间紧，检查质量难以保证，查处效果难以体现。二是专项和单项检查多。通常对某一具体采购项目进行检查，查出的问题有时不免单一和简略，未能全面地反映单位的政府采购违法违规情况。三是重点检查居多。检查计划一般是针对一部分采购单位制定并实施的，而让其他采购单位因侥幸心理作怪，打着“时间差”，变相地放纵了这些单位违规采购。

　　力度上缺乏联动性

　　从监管实践看，对政府采购活动的监督检查，一直是政府采购监督管理部门的“单边行动”、“一厢情愿”甚至是“孤军奋战”，而相关职能部门没有履行监督职责，没有形成“拳头”而合力联动，没有真正地将处理人与处理事有机地结合起来，没有将法律手段和行政手段统一起来，致使政府采购违法违纪行为没有得到及时有效查处，给“暗箱操作”、权钱交易等腐败行为以滋生的土壤。

　　处罚上缺乏刚性

　　一是法律上存在弹性空间。现行的《政府采购法》、《招投标法》等，本身就留给了采购人、供应商或采购代理机构大量的弹性空间，如不遵循采购程序，“先斩后奏”逃避监管的行为，采购方式的确定、歧视性条款、围标和串标的认定、采购文件的评审等方面，从某种意义上讲，这些条款对政府采购当事人的道德约束高于法律强制，法律提供的微小弹性空间直接导致了操作上的漏洞。二是在法律制裁上存在局限性。尽管《政府采购法》明确了相关责任人的法律责任，但财政部门“管钱不管人”，本身没有处理责任人的权力，对违法违规采购行为，依据情节轻重，只是运用经济手段依法停拨预算资金或罚款进行处罚，在处罚手段上过于单一，难以在处理人与处理事上达到有效结合，而违法违规采购者常常是行政主管部门或有关机关，此时，执法就显得软弱无力。三是在处罚依据上失之过宽。从监督检查的实践来看，检查出的有些政府采购当事人违法违规行为数额巨大，仅靠事后按法定尺度罚款或处理相关责任人，明显处罚量责任过轻，无形地纵容了政府采购当事人的违法违规采购行为。