部门预算是开展政府采购工作的前提，由于这项改革起步时间相对较晚，对加强财政资金管理起到的效果不是很突出，因此，预算编制中还存在了一些问题。

与部门预算联系不紧密

　　政府采购预算与部门预算没有达到同步编制。政府采购预算是部门预算的组成部分，应该与部门预算同步编制，并在部门预算中一一列示。但在实际编制时经常是与部门预算分别布置、分别编制、分别上报、汇总，结果形成脱节，造成政府采购预算执行过程中没有资金保证，出现预算归预算，执行归执行的问题。

　　计划滞后，专项支出无法细化。各编制单位工作计划与财政支出计划的不同步，部门预算与实际工作计划的脱节，导致预算不全、不细、不明确，特别是有些专项资金在编制预算时还没有项目实施计划，导致预算编制过粗。

　　编制质量有待进一步提高。虽然目前规定预算单位制订滚动预算和部门预算，但在采购过程中如预算编得不全面，缺乏科学性、严密性、可操作性的现象较为普遍，对预算编制的质量需进一步提高。

编制过程和操作方法不科学

　　不少单位认为只要把项目交给政府采购中心实行就行了，编不编制政府采购预算、预算金额是否客观准确都无所谓。因此，编报政府采购预算时，对采购预算金额的确定不以市场价为依据，随意参照某个数，导致公共支出项目不能细化到政府集中采购目录，更有甚者编报的采购项目并不符合国家相关政策规定。

　　同时，因为政府采购计划的编制是建立在预算编制的基础之上的，尽管财政部门预算的编制时间虽然在逐年提前，但财政部门的预算审批办法仍然变化不大。预算经人民代表大会批准通过后，下达给主管部门，由于上报的预算细化程度不够，往往每年有很多突击项目，一时也难以确定明细，因此下达的预算仅仅是盘子数，而不可据此执行。

执行过程和步骤不规范

　　部分单位采购预算编制随意性大。由于目前政府采购资金还没有完全实行财政集中支付，政府采购预算中的项目受单位当年收入的影响很大，当收入较高时，扩大采购计划，预算执行随意性较大。

　　政府采购目录不够明确，预算编制无依据。在实际工作中，大部分部门集中采购项目或分散采购项目往往因为目录不明确导致少编或错编采购预算。

　　对采购项目不进行科学、充分的市场调研和论证，采购预算的编制过于粗糙。由于《政府采购法》明确规定，政府采购不能指定品牌或有倾向。所以，大部分政府采购预算项目只列到大类，而技术指标的含糊不清，结果造成预算不明确，更会使预算结果严重脱离实际。

　　预算外资金混用现象突出。一方面有些收费部门钻收费时段的空子，随意临时增加采购预算。另一方面采购单位动用上年结余资金实施采购时，不编预算，借人员经费等名义，私下采购，规避政府采购。

采购单位对编制不重视

　　由于我国政府采购工作起步时间较晚，目前政府采购计划如何编制并没有科学、统一、完整的标准。在《政府采购法》和政府部门预算正式实施之前，很少有采购单位编写过正规的政府采购计划，所以相对于一般预算项目而言，政府采购预算还是新生事物。因此，有些采购单位对政府采购预算的编制不够重视，更有甚者，个别单位还把编报政府采购预算作为争夺资金的手段，在编报政府采购预算时，虚报、滥报项目，提高造价，妄图蒙混过关，套取财政资金。

　　另外，政府采购预算的约束性不强。财政总体预算是政府采购预算的基础，政府采购预算要与财政支出预算相衔接。但在实际操作过程中，经常出现脱离预算项目、超预算项目采购等现象，破坏了预算的严肃性。

财政资金支出效率不高

　　首先，预算资金安排基本上是“基数加增长”的模式，对资金的基数部分缺少必要性的分析和论证，缺少随时间、实际等因素进行调整的机制。其次，财政资金预算安排环节较多，使财政资金没有全部用于具体的项目，降低了其使用效率。三是部分预算单位调整了预算资金的使用用途，导致财政资金的使用效率下降。四是预算的权威性、法制性不强。每年下半年调整预算，预算缺乏法制性、权威性。