内部控制制度是高校采购管理的重要手段。众所周知，有关高校采购教材收受回扣、基建工程招标暗箱操作等情况在很大程度上都可以归结为高校内部控制制度的缺失或失效。如南京某工程大学原教材采购中心主任和工作人员，平分教材回扣款达18万元等现象，无不与采购内部控制制度缺失有关。完善高校采购内部控制是完善高校采购的必然途径。
 
　　高校采购的内部控制内容是为了保证业务活动的有序进行、确保资产安全完整、防止欺诈和舞弊行为、实现经营管理目标而制定和实施的一系列具有控制职能的方法、措施和程序，它涵盖企业内部的各项经济业务、各个部门和各个岗位，并针对业务处理过程中的关键控制点，将内部控制工作落实到决策、执行、监督、反馈等各个环节。

　　单位应当合理设置采购与付款业务的机构和岗位，建立和完善采购与付款的会计控制程序，加强请购、审批、合同订立、采购、验收、付款等环节的会计控制，堵塞采购环节的漏洞，减少采购风险。

管理制度不健全

　　不少高校制订了与采购相关的规章制度，为采购工作的规范化、制度化提供了制度基础。但由于一些制度本身不完善，或在实际执行中不规范，致使采购工作还存在例如权利过于集中、缺少监管等问题。

采购方式单一

　　目前，高校所采用的采购方式，借鉴了政府采购的做法，其采购方式按公开程度分为：公开招标采购、邀请招标采购、竞争性谈判采购、询价采购和单一来源采购，且每种采购方式都有相应的适用条件，采购部门根据采购项目的不同特点及相应适用条件选择，使得采购工作规范、有序、有效。

　　但目前高校的大宗设备物资的采购形式主要以邀请招标的形式为主，这种形式虽然有利于深化对供应商的了解、与供应商形成良好的合作关系，但长期采用这种形式，自然形成一部分或少数供应商长期垄断某个学校的设备物资市场，违背引入竞争机制的初衷；同时，由于长时间与少数厂家的合作，也容易滋生人员的腐败。

采购过程不透明

　　首先，采购程序的不完善。如采购部门对供应商的考察不彻底，有些供应商明知无法响应招标文件的要求仍前来投标，其结果必然是供应的产品不合格；更有甚者，相互串标和围标，使学校蒙受损失。

　　其次，采购程序的不透明。由于目前高校采购大多采用邀请招标的形式，不太重视信息的公开，致使广大教职工对招标工作的公正性产生疑问，具体表现在信息的披露不规范，采购方式选择不恰当，采购预算的编制、招标文件的编写、不同项目的评标办法等不规范等等。

　　这些问题需要制定完整的规范，目前，相关规定的制定工作做得比较少，在教学职工中也还存在疑惑，为何选的是这几家供应商？如何选出来的？这些疑问的产生也从一个侧面反映出透明度仍有待提高。另一方面，高等学校作为一个庞大的市场，它的不断发展已引起越来越多供应商的广泛关注，但在实际工作中，采购部门又常常因某些采购项目供应商较少，达不到法定三家而发愁，其主要原因是尚未建立起一套功能齐备、权威的信息渠道，导致一方面采购单位为市场资源不足发愁，另一方面许多供应商又为不能及时获得信息而懊悔，影响了采购工作的正常开展。

监督机制不力
 
　　有些设备的采购项目并没有通过有关监督部门的审批，或采购后经办人员才向监督部门通报，而监督部门碍于情面也睁一只眼、闭一只眼；有的项目虽然监督部门参加了，但由于专业受制，对采购项目并不了解；还有些由于资产添置途径多样，有自购、自制、委托加工、接受捐赠等不同方式，而按照这些采购方式执行的情形下并没有得到很好的监督。