从县级政府采购专家库运行情况看，仍存在一些突出的问题，严重影响了其作用的发挥。
　　
　　专家库专业人才少、专业面窄。政府采购涉及的货物、工程、服务三大类，就县一级来讲，所需要的“专业对口”人才资源十分匮乏，符合入库条件的人员数量少、专业面窄，致使采购专家库普遍存在“库存”较小、质量偏低的问题，在组织评审时，随机抽样选择的余地很小，特别是一些特殊行业，如在医疗器械的采购上，因县级专家库中具有相应资质的专家很少，评审力量明显不足，采购活动由采购人（医院）牵着鼻子走的情况时有发生。此外，因为可选择的空间不大，很容易因“脸熟”而使专家成为竞标者“攻关”的对象。
　　
　　“专家”业务不“专”。在采购专家的聘任上，大多注重对专家专业资质的审核，而忽视对其政府采购政策法规及业务知识的培训考核，在专家库的日常管理中，业务培训也大多缺位或流于形式，致使一些专家入库多年仍是采购业务的“门外汉”，在采购评审工作中“专家”作用发挥不大，与当前的政府采购工作明显不适应。
　　
　　高效运行机制缺失。从对专家的监督考核看，主要是相关制度落实不到位，对专家的业务水准、评审水平、工作业绩、诚信表现等缺乏严格的考核，奖优罚劣的奖惩措施落实不够，一些专家评审水平低下，甚至有舞弊行为，却可以堂而皇之地继续担任采购专家。对专家的这种松散式管理，致使专家评审的效率与质量大打折扣。此外，一些地方不注重专家人才的充实更新，有的几年才招聘一次，加之“劣汰”的机制尚未形成，出口不畅，客观上影响了评审专家抓业务、提水平的积极性。
　　
　　采购专家“闲置”率高。受财力的限制，县级采购品种多、数额偏小，很多采购项目都达不到规定的采购限额，由于正式的、大规模的政府采购活动不多，造成采购专家“出场”机会少，降低了专家对其“采购专家”身份的重视程度，进而也影响了专家对自己素质的要求。此外，县市区之间缺乏沟通联系，专家资源没能实现共享，一方面造成专家资源紧张，另一方面又形成了专家的“闲置”。