投标文件副本是与正本相对而言的，两者既有联系又有区别。副本一般不予保存，所以副本大量积压与处理的问题显得较为迫切。什么时候处理，如何处理，处理过程中的投标人商业秘密如何保护，这些问题要妥善考虑。
　　
　　副本处理的时间问题。不宜过早也不宜过迟，关键是要掌握分寸，一般看来，招标投标项目履约结束以后应该是处理副本的最佳时机，既保证了招标项目对于副本的需求，也考虑到了过多的副本保管上的成本与风险。但所有采购项目不可能同时结束，而一单一做的零星处理不科学也不经济，因此，可以以某基年作为时间段，两至三年以后可以集中处理副本，这样一来能够兼顾到具体采购项目履行时间上的间隔性，也能够更加效能地解决存放成本问题。
　　
　　副本处理要注意保密性。副本处理不是简单地把投标副本送到废品站或者造纸厂，必须要履行一定程序，进行一些必要的技术处理。首先要统计出被处理副本的数量、编号、项目名称，这些统计工作由档案室来完成，其实这方面应该都有现成的资料，据此制作副本处理清单。其次，要邀请政府采购监管部门，单位纪检室，必要时也可以邀请公证机关进行监督，对副本的处理进行见证，并且签字留挡。第三，在相关人员的监督下，由工作人员进行碎纸化处理，必须要保证每一本副本按照保密性的要求进行适当处理，可以请档案馆工作人员进行现场指导，严格按照保密性的要求进行处理，然后把处理过的碎片运抵废品站或造纸厂。这些过程看起来似乎十分简单，但是要真正做到这些规定，还是比较困难的，主要是大家对于副本处理的重视性认识不足，甚至认为这种保密性的处理是小题大做，而一旦被投标人一纸诉状告上法庭时才感到事态的严重，那时悔之晚矣。