根据科学发展观的要求，政府采购领域在以人为本，全面协调可持续发展方面依然存在一些问题，这些问题由来已久，是有悖于科学发展观宗旨要求的。
　　
　　法律衔接不到位
　　
　　法律制度的不断完善与强化执行力度，是政府采购落实科学发展观的重要体现。政府采购要健康发展，制度建设是保障，政府采购法要求的立法宗旨，机构设置，采购范围，公平竞争，政策功能实现，采购方式程序，监督检查，法律责任等等方面的规定，怎样才能变成社会自觉遵守的内在动力？光凭口头禅是不能解决问题的，最重要的是设计好一套行之有效的保障执行措施。政府采购法与招标投标法两部法律衔接不到位的问题，直接导致政府采购制度和市场的分裂，法律制度如何完善，是摆在我们面前的首要问题。
　　
　　工程采购游离于外
　　
　　工程采购不纳入政府采购范围，应该是政府采购健康发展的最大障碍，是影响政府采购规模提高的瓶颈因素。为什么不能从政府采购发展大局考虑，进行彻底改变？这是一个值得深思的问题。采购法对于政府采购的范围的规定是很明确的，特别是对工程采购的范围的界定更是无可挑剔，但全国的工程采购真正纳入政府采购的非常罕见。除了部门利益难以放弃外，各地领导是不是也有责任？假如工程采购进入政府采购的轨道了，媒体上不断出现的所谓领导定工程建造、承包商的现象就不会大量发生了。正因为工程采购未纳入政府采购，才衍生出各地所谓的招投标管理办公室，本来政府采购的法定监管部门就是各级财政部门，现在又来叠床架屋，这显然不是在践行科学发展观。
　　
　　集采机构设置不合理
　　
　　集中采购机构设置不合理，影响政府采购宗旨实现，以人为本的积极性明显受到压抑，不符合法律法规的具体要求。目前集采机构建设五花八门，少数还设立在政府采购监管部门，有的甚至还设立在招投标管理办公室内，这两种机构设置明显是违背采购法要义的，管采不分，是不科学的，在社会上就没有说服力，群众自然就会想到分散腐败变成了集中腐败。当然除此两种模式以外，尚存在诸多的集中采购机构隶属模式，但不管如何设置，政府采购好象“离开政府远了点”，公共财政的功能实现遇到了或多或少的阻碍。
　　
　　集中采购的机构设置如何才能真正步入科学规划轨道，主要应体现三点：第一，集中采购机构要归入各级政府管理，这样的政府采购才是名至实归，各地已经有过成功探索，并且正在继续影响着政府采购领域的改革思潮；第二，全面统一机构设置模式与编制，取消各种不利于政府采购健康发展的设置模式，从争权夺利的部门利益中脱身出来；第三，以机构设置的统一，引领集中采购领域指导性工作网络建设，摆脱一盘散沙和各自为政的尴尬局面。
　　
　　中介机构太多
　　
　　社会代理机构与集中采购机构的交叉重叠，致使代理业务出现了混乱局面，根源在哪里？政府采购的法律规定为什么就这样轻易被改变了？只有彻底理顺关系，动大手术，才能从根本上解决问题。政府采购法规定，集中采购机构实行集中采购目录内的政府采购项目，而由省级以上人民政府批准的集中采购目录，一般是比较全面的，几乎涵盖了政府应该实施的采购行为，如此各级中介机构应该就没有多少生计了。但实际上各级财政部门在大量审批中介机构，这样的行为是否符合政府采购发展的科学规划需要慎重考虑，这样也不利于实现集中采购作为政府采购主渠道的制度要求。