县级政府采购中心，作为最基层的集中采购机构，在发展中面临一些迫切需要管理层关注的问题。
　　
　　采购预算管理缺位
　　
　　县级政府采购对预算编制要求不高，一般都只是列出一个大体的框架，比如今年估计要更新或添置哪些设备或项目，采购预算总额大约是多少，然后统计上报。但在具体的执行过程中，由于缺乏对采购预算的监督管理，采购单位在采购预算总额内可以随时提出采购申请或者调整采购预算的清单，采购项目申请更是无章可循，导致县级政府采购中心无法发挥集中采购的优势，工作人员只能忙于完成各项业务。
　　
　　采购方式审批繁琐
　　
　　根据规定，县级政府采购公开招标方式变更的审批，不管是采购活动开始前还是开标后因特殊情况需要变更，都必须获得设区（县）的市、自治州以上人民政府财政部门的批准。由于县级政府采购还受到同级财政部门的监管，这样，采购方式变更的审批，就必须获得县市两级财政部门的同意，手续比较繁琐。特别是对于开标后因特殊情况采购单位为了节省时间希望能在现场改用公开招标以外采购方式时，往往都不能得以实现。而公开招标开标现场一旦废标，无论是申请改为其它采购方式还是重新组织招标，都将经过相当长的一段时间。
　　
　　业务操作指导断层
　　
　　有些地方县级政府采购在参照《政府采购法》要求进行管采分离后，县级政府采购中心没有上级部门，业务操作指导断层。
　　
　　管采分离以后，县级政府采购中心的隶属关系出现了不同情况，有些地方挂靠县政府、有些地方挂靠机关事务管理局，有些地方挂靠行政服务中心，这样就导致县级政府采购中心在管办分离以后，无法形成条线管理，业务操作上缺乏上级部门的支持和指导。