政府采购绩效评估不仅要分析采购项目直接的、有形的、现实的投入和产出，而且还要计算分析其间接的、无形的、预期的投入和产出，采购绩效不仅反映为可用货币衡量的经济效益，还反映为大量的无法用货币衡量的社会效益和政策功能的实现。因此政府采购绩效评估工作的开展比较复杂，评估政府采购绩效应遵循以下原则。
　　
　　公正 公开 透明
　　
　　公正、公开、透明是政府采购工作的基本原则，也是政府采购绩效评估的普遍原则。所谓公正，就是尊重既有的事实。坚持公正原则，首先要注意在选取绩效指标时，尽量采用那些能客观反映结果的指标，避免使用过程性指标；其次，绩效评估必须一切以数据说话，评估结论只能依据各项绩效指标分析的结果；最后，评估结果用于分析、建议时，应以事实为依据，避免夸大和引申。所谓公开，是指绩效评估的过程公开，包括绩效指标的选取、数据的取得要公开操作，不仅要接受被评估单位的监督，还要接受公众的监督。所谓透明，主要是指评估结果要公示，征求被评估单位的意见，并接受公众监督。
　　
　　价值中立
　　
　　为保证政府采购绩效评估的公正、公开、透明，在评估工作中要坚持价值中立原则。所谓价值中立原则，就是在评估中严格区分事实和评估人员的主观价值判断，尊重事实而不是评估人员的某种主观倾向，以事实为依据做出客观、公正的评估结论。
　　
　　存在利害关系应回避
　　
　　财政部门是财政资金的分配者，政府采购绩效的评估主体以财政部门为主导，容易产生夸大、高估政府采购绩效的问题。因此，政府采购的绩效评估应采取财政部门主持、专家评价的方式，专家由财政、行业、审计监察、人大等方面人员组成。在绩效评估小组成员中，与政府采购项目有利害关系的人应当回避。
　　
　　定性分析和定量分析相结合
　　
　　定性分析仅仅分析被考察对象所包含的成分或具备的特性，通常用描述性语句表达有关的分析结果。定量分析则用于分析一个被研究对象所包含成分的数量关系或所具备性质间的数量关系；也可以对几个对象的某些性质、特征、相互联系从数量上进行分析比较，研究的结果也用“数量”加以描述。
　　
　　在政府采购绩效评估过程中，评估项目有的可以直接用定量化的指标和标准来计算衡量，如政府采购节支率、政府采购人员人均采购金额等，有的则不能用定量指标、标准来计算衡量，如政府采购过程是否实现公正和公平、政府采购的规范化程度、采购人、供应商的满意程度等。单一使用定量或定性分析的方法进行政府采购绩效评估，势必会影响评估结果的客观、公正、科学性。