中央财经大学财政学院院长马海涛在“第二届公共采购国际论坛”上对我国政府采购制度存在的问题也进行了分析。马海涛认为，我国政府采购制度主要存在以下问题：

　　（一） 我国政府采购效率亟待进一步提高。在我国并不成熟的政府采购制度及实施环境下，采购部门采购预算编制越是松动、粗陋，预算编制人员对市场价格信息掌握得越不准确，节支率就会越高。因此，我们不应用“节支率”来评价政府采购效率。如果我们从行政效率、规模效率、人员效率、政策效率等方面更科学地评价我国政府采购效率的话，我们就会发现我国政府采购效率其实并不高。

　　（二） 政府采购法制建设滞后于采购实践的需要。《政府采购法》中所制定的政策目标存在冲突；《政府采购法》中确定的适用范围狭窄，缺乏可操作性；《政府采购法》缺乏相应的实施细则，难以满足实际需要；《政府采购法》中关于发挥政府采购政策功能的要求过于原则化；《政府采购法》与《招标投标法》的关系没有理顺。

　　（三） 尚未形成统一、规范、有效的政府采购机构设置。政府采购监督管理部门设置级别低、人员紧张；政府采购执行部门设置不规范、不统一；政府采购机构间职责划分不清，协调机制欠缺。

　　（四） 须进一步发挥政府采购政策功能。政府采购政策目标范围狭窄，与宏观经济调控需求还存在一定的差距；缺乏实现政府采购政策目标的有效操作细则；政府采购规模和范围偏小，制约政府采购政策功能的发挥。

　　（五） 现有政府采购制度难以满足开放政府采购市场的需要。1.我国政府采购法律法规与国际标准差异大，无法衔接；2.缺乏保护本国企业和民族产业的相应措施和规划；3.政府采购具体操作执行不规范，易引起国际间摩擦；4.我国政府采购人员素质无法适应GPA的要求。

　　（六） 政府采购电子化水平低。与世界上政府采购电子化走在前列的国家相比，我国的政府采购电子化水平还存在相当大的差距。主要表现在：首先，政府采购电子化水平区域差距大，各地区之间政府采购电子化水平参差不齐。其次，缺乏全国统一的信息管理系统，信息共享程度低，半电子化的信息系统使得各地区信息采集和汇总速度很慢。再次，没有为电子采购提供充足的法律保障，导致实施电子采购产生纠纷和利益损失的风险增大。最后，对网上采购安全保障措施的研究非常滞后，网络建设水平和信用体系建设无法满足网上支付的需要。