集中采购机构是政府采购的法定代理机构，在《政府采购法》中，对于集中采购机构的表述占有相当的篇幅。既然法律赋予集中采购机构权利和义务，说明政府和社会对集中采购机构的关注度非常高，迫切需要集中采购机构应对好政府采购工作中的各种挑战，正确保护自身的权利不受侵害。
　　
　　采购文件制作须有依据
　　
　　采购文件是政府采购工作中的一个重要部分，采购文件由集中采购机构和采购人共同编制并由集中采购机构发布。一本好的采购文件可以明显降低质疑投诉发生的概率。通行的政府采购招标文件，分为通用条款（或称必备条款）和特别条款，通用条款一般包括开评标程序、资格性条件、计分办法、质疑投诉途径等，特别条款主要针对技术需求，也就是通常讲的要买的东西，主要包括货物（服务、工程）的标的物名称、数量、参数要求、售后服务要求、验收等。一本看似十分庞大的招标文件，仔细分析后也就不觉得十分吓人。如将以上内容依法写进招标文件中是一件非常简单的事情，但做到既要让投标人知晓条款的准确含义，又不使集中采购机构面临风险，需要编制人员准确全面地把握法律、用准法律。
　　
　　在特别条款中，容易使集中采购机构犯难的问题，是采购人明明白白写着要采购某种品牌的货物，或者指名道姓要某某公司承担项目、要有产品授权等等，面对这种情况时，集采机构需要把法律规范和政策要求向采购人阐明，一般情况下是可以化解的。但有时采购人非常隐蔽地对某某品牌以技术参数的方式进行描述，藏头去尾，使集中采购机构工作人员难以发泄，但精明的供应商一眼就可以看出破绽，就会向集中采购机构提出质疑。这种情况会造成集中采购机构工作受影响，延迟采购项目实施，有些项目甚至会由于上述原因而久拖不决。
　　
　　解决问题的办法：一是集中采购机构要明确告知采购人，不能有任何倾向性的需求。二是运用法律的条文加以规范，如《政府采购法》规定的“不得以不合理的条件对供应商实行差别待遇或者歧视性待遇”，告知采购人编制采购需求不要违反法律规定。三是以《政府采购法》第36条第1款作武器，明确告诉采购人，如果设置倾向性、歧视性条件，则再绞尽脑汁采购也不会有结果。四是在征得采购人同意的情况下，将采购文件的技术需求向社会公众进行“晾晒”。
　　
　　开评标过程须严谨细致
　　
　　按照《政府采购法》以及财政部令第18号关于开评标过程的描述，集中采购机构是组织者，但不是评标委员会的组成人员，这种安排要求集中采购机构既不能违反法律规定参与评标工作，又不能置开评标过程于不顾，放任评审专家、采购人代表处于一种无政府状态而为所欲为。
　　
　　为了使评标过程具有法律效力，组织者要认真依照采购文件所规定的步骤，正确引导评标专家展开评审。以一般公开招标项目为例：公开唱标→专家和相关人员回避→投标文件密封性检查→资格性审查→技术符合性审查→评标基准价确定→商务评分→价格评分→技术评分→综合得分等，从中可以看出任何一个部分都不能缺少集中采购机构，都需要其工作人员从中斡旋和协调，告诉评审专家该如何进行操作。如公开唱标时，必须由评标专家记录每个供应商的报价情况，该环节是由集中采购机构提供相关表格让评标专家依次按唱标内容进行填充并签字确认，有报价表、评标记录作为证据。政府采购既是一个授予合同的过程，同时也是一个寻找更多证据证明投标人具有履行合同能力的过程，每个流程都需要有各种文件形成一个“证据链”，以凸显政府采购过程的真实性和完整性，一环扣一环，如此方能显示集中采购机构在政府采购操作执行过程中严谨可靠的工作水准，避免问题产生。
　　
　　质疑过程保持中立客观
　　
　　质疑的种类无非是对采购文件、采购过程和采购结果产生的异议，但纠结在一起的共性是投标供应商担心不能中标或者没有中标。集中采购机构的质疑答复部门，应该从以下几个方面入手开展工作：一是诚恳地向质疑人讲清质疑答复的有关依据、程序和步骤；二是强调“以事实为依据、以法律为准绳”的原则，任何质疑要证据确凿，不依靠“莫须有”作为质疑的出发点；三是做好耐心细致的解释、宣传和化解工作；四是从目前有很大一部分质疑是因为采购人代表对采购结果不满意而鼓动未中标供应商质疑的情况看，集中采购机构要在一定程度上紧紧依靠采购人单位的纪检监察部门的支持，从而减少不必要的质疑情况发生；五是质疑答复过程须借力评标专家力量，认真核实质疑问题，使问题得以澄清。要看到有时评标专家的作用比之集中采购机构作用要大，效果更显著。