《政府采购法》实施十几年来，我国政府采购工作取得明显成效，同时也存在一些问题。笔者认为，这些问题很多是由于制度缺陷所造成的。政府采购顾名思义是政府的采购，理应由政府设立一个机构代表政府行使采购权，成为执行工作的责任主体。现实情况是，虽然政府设立了一个集中采购机构，但没有明确执行机构的地位和职责，采购权还是在分散行使。
　　
　　相较于《招标投标法》，《政府采购法》最大的亮点是突出了统一集中管理的理念，建立集中采购制度，设立集中采购机构。但令笔者费解的是，《政府采购法》虽然要求政府设立一个集中采购机构，但在具体运作机制上，又与《招标投标法》一样实行完全市场化的"委托代理"制度。采购权没有赋予集中采购机构统一行使，而是采取政府集中采购和部门采购相结合，政府集中采购机构和社会中介机构分别代理的"双轨制"，并形成一条很长的委托代理链。这种制度带来的问题比较明显。

　　
　　责任缺失
　　
　　没有责任主体是委托代理制度最大的缺陷。在政府采购活动中，采购单位虽然已将采购项目委托出去，但拥有稀缺资源--委托权和参与决策定标权；专家委员会虽然是临时组成的班子，但拥有核心权力--评标结果的评审决定权；集中采购机构虽然组织了采购活动，起草并发出了中标通知书，但在整个中标决策过程没有任何发言权。整个采购过程各方当事人权力、责任、义务非常不匹配，多方行使采购权，甚至交由市场行使，找不到责任主体，好像谁都在负责，实际上谁都不负责，一旦出现问题，各当事方都能找到推托责任的理由，委托代理制度成为逃避责任的"遮羞布"。
　　
　　政府采购是一项"公权"，在完全市场化运作的情况下，要求各当事方能够承担起多大的责任不太现实。社会中介代理机构以营利为目的，按市场规则办事，在采购过程中很难将社会责任放在第一位。专家评审定标是我国独创，在短暂的项目决策过程中，临时组成的专家委员会能否体现政府采购政策功能，能否为政府把好关是一个大的问号。发达国家政府采购实行"采购官"决策制，专家在官员的身后提供咨询和方案的论证，最后商务谈判确定中标供应商，这些都是由"采购官"来进行的，责任和权力非常明确。
　　
　　成本过大
　　
　　政府采购有些做法不合乎情理，不仅与加强管理的出发点相悖，而且增大了行政成本费用。
　　
　　一是集中采购机构作为政府采购的一个专业机构，应该能够胜任各项采购工作，但目前一些通用、大众化的项目由集中采购机构操作，复杂、专业性强的项目反而由部门采购或社会中介代理机构操作，专业机构的作用没能完全体现。
　　
　　二是部门采购实行委托社会中介代理机构采购，这就成了政府向企业（公司）采购货物和服务，要找另一个代理公司购买。而社会中介代理机构要收取代理费用，全国政府采购规模现已达1万亿余元，如果按招标金额0.5%-1.5%来计算，每年财政要支付的采购代理费是一个惊人的数字。并且按采购金额一定比例收取费用非常不合理，采购同一类商品，组织的程序一样，付出的劳动也一样，如果数量不一样，仅在招标文件上改一个数字，社会中介代理机构所获得的代理费将是天壤之别。
　　
　　三是实行政府采购制度的核心是引入竞争，生产企业、供应商、社会中介代理机构都是企业法人。政府采购对生产企业、供应商采取招标竞争方式授予合同，而对社会中介代理机构又采取直接委托授予合同。同属企业给予不同待遇，既违背政府采购公平公正原则，又为权力寻租打开方便之门。《政府采购法》规定，专业性强的项目由部门组织采购，部门没有招标能力的委托社会中介机构代理。然而，委托社会中介机构代理不仅要花一笔钱，而且容易滋生腐败，不如将钱用在集中采购机构电子化采购平台建设，培训采购人员招标技能，使各部门都能胜任采购工作。
　　
　　信息失真
　　
　　政府采购不是简单地买东西，而是起到市场导向作用，实现国家经济和社会发展政策目标，包括保护环境、扶持不发达地区和少数民族地区，促进中小企业发展等。委托代理链太长，层次过多，各当事方都站在各自的立场和角度行事，完全按市场规则来运作，政府采购好的愿望和意图，在传递过程就有可能走样，最后达不到预期效果，政府采购管理目标很难落实到位。
　　
　　现在政府采购活动中，有一种泛专家化、泛市场化的倾向，好像什么事经过专家的手就合理了，什么项目让所有供应商参与竞争才算充分，完全市场化运作很容易使相关工作流于形式。政府采购能不能中标不完全是要在很大的市场范围内比价格比技术实力，更多的应是采取首购、订购方式，通过对特定对象的采购，体现出政策功能的优势。