2012年，内蒙古通过继续推进实施基本药物制度和基层医药卫生体制综合改革、促进基本公共卫生服务均等化、实施中央重大公共卫生项目、实施农村牧区医疗救助、实施城市困难群众医疗救助等举措，继续实施医疗保障工程。2012年，内蒙古安排基本药物制度改革经费3.72亿元，其中，中央下拨2.27亿元，自治区本级下拨1.45亿元。截至目前，全区1574个政府办基层医疗卫生机构全部实施了基本药物制度，实行药品零差率销售。全区12378个嘎查村卫生室中有10399个实行了一体化管理，其中9976个实施了基本药物制度。此外，2012年，内蒙古城镇职工、城镇居民和新农合三项医保保障继续扩面，新农合和城镇居民政策范围内住院费用报销比例分别达到75%左右和70%以上。
　　
　　内蒙古在2012年继续实施促进基本公共卫生服务均等化项目，人均基本公共卫生服务经费由20元提高到25元。2012年，内蒙古实施中央重大公共卫生项目，下达中央重大公共卫生专项资金3.75亿元，自治区本级安排配套资金0.3亿元，实施农村牧区产妇住院分娩，增补叶酸，宫颈癌、乳腺癌检查，人间布鲁氏菌病防治，农村牧区改厕配套等重大公共卫生项目。健康体检是医改实施进程中，为居民建立健康档案和实施健康管理的一项基础性工作。
　　
　　2012年，内蒙古累计救助城乡困难群众172.1万人次，其中住院救助13.6万人次，门诊救助11万人次，资助参加城镇居民基本医保和新农合147.5万人次，共支出救助资金5.33亿元。在呼和浩特市玉泉区、包头市石拐区等14个旗县(市、区)分别开展重特大疾病医疗救助试点，在62个旗县(市、区)开展了城乡医疗救助“一站式”即时结算服务试点，城市医疗救助住院平均封顶线达到2.28万元，农村牧区达到1.99万元，减轻了城乡困难群众就医负担，方便了城乡困难群众诊疗费用的结算。