两部法律真正的矛盾，是关于政府采购工程建设项目招标投标的行政监督职责分工。两法分别建立了各自的行政监管体系，但对于工程采购的行政监管，监管主体及其职责有所交叉，未能清晰、妥善地衔接。

　　两法程序规定相差不大

　　从招标投标的程序来说，两法的矛盾并不大，因为不仅仅是政府采购工程，政府采购的货物和服务进行招标投标的，也得适用《招标投标法》。《政府采购法》关于招标投标的程序性规定本来就比较少，即便是财政部出台的《政府采购货物和服务招标投标管理办法》，也只是细化了政府采购货物和服务招标投标的一些程序规定，并没有突破《招标投标法》。

　　工程的定义和范围有所不同

　　关于“工程”的定义和范围的界定，两法有差异，而且实践中也有争议。《招标投标法》第三条规定了哪些工程必须进行招标投标，但却没有对工程给出实质性的定义，或者给出一个明确的范围界定，倒是《政府采购法》对工程给出了明确的定义。但在法律实施过程中，相关的工程行政主管部门，却利用自身的行业主管地位，在事实上不断扩大自己的职能范围，把一些本来不属于工程的项目纳入了工程招标投标管理的范围。

　　拿工程相关资质证书来说，在同一个专业或领域，不同的行政主管部门分别发自己的资质证书。比如对信息化项目，既有建设部的建筑智能化资质，又有工信部的计算机信息系统集成资质，让具体操作部门在实际采购中无所适从。比如对政府采购信息化项目的招标，到底是作为工程项目接受招投标行政管理部门的监管，还是作为政府采购服务项目接受政府采购监管部门的监管呢？

　　核心矛盾在于行政监管权的冲突

　　两部法律真正的矛盾，或者争议的焦点，是关于政府采购工程建设项目招标投标的行政监督职责分工。两部法律分别建立了各自的行政监管体系，但对于政府采购工程建设项目招标投标的行政监管，监管主体及其职责有所交叉，未能清晰、妥善地衔接。正因为这方面的权责不明确，所以才会有着名的“政府采购第一案”，财政部“代人受过”，被工程投标商以行政不作为为由起诉并且一审败诉，到现在这个案子还一直没有结案。