在政府采购代理活动中，多数代理机构在制定招标文件时，都非常重视对供应商的资质条件、产品的技术参数以及评分办法等因素的规定。但一些代理机构在重视这些内容的同时，对付款方式的规定却很草率，以致中标供应商确定后，在签订合同的过程中，矛盾时有发生。因此，付款方式理应成为招标文件中的一项重要内容。
　　
　　代理机构从业人员在制作招标文件时应明确采购款的支付方式和时间，如在工程采购的招标文件中规定：本合同签订并经政府采购代理机构见证后支付总合同价的30%；工程竣工验收合格后支付总合同价的50%；按规定应交的竣工资料全部交给发包人后，工程竣工结算审计后付清至合同审计价的95%；留5%作为保修金，两年保修期满后一周内由采购人一次付清余款，不计息等内容。这些内容如果不在招标文件中事先明确，采购人和中标人在签订合同或是履约的过程中就可能发生纠纷。进而影响政府采购行为的顺利实现。
　　
　　与此同时，资金的支付程序也应事先明确。据了解，目前，许多地方都实行了国库集中支付制度。国库集中支付也应有一套程序，而目前还有不少供应商对国库集中支付并不了解。因此，代理机构有必要把支付程序在招标文件中事先明确。有些代理机构在招标文件中是这样规定的：每次实行国库集中支付付款，采购人必须出具书面通知手续；政府采购代理机构凭采购人的书面通知手续和相关材料（采购合同、验收报告、发票复印件等）代为办理国库集中支付有关手续等。这样的规定可避免供应商三天两头跑到代理机构或者采购单位追要采购资金。
　　
　　据了解，在政府采购活动中，部分细心的代理机构还会在在合同价款的规定中进行一些必要的提醒，如在工程采购中规定，合同价款中包括施工期间的政策性调整及市场风险。投标时，投标人应将人工、材料、机械等方面的风险一并考虑后进行报价。
　　
　　风险范围以外合同价款结算时不作调整。设计变更和采购人要求变更的，如图纸设计变更等原因引起工程量增减，工程造价必须调整，按如下办法执行：变更引起工程量增减，在投标报价中有与原工程量清单相同的工程项目综合单价的，结算时执行原有的综合单价；引起工程量增减，在投标报价中没有与原工程量清单相同的工程项目综合单价的，结算时按本地的相关计价表执行，同时还需参照采购人的标底。