为了确保投标保证金及履约保证金的资金安全管理，北京市顺义政府采购中心在工商银行开通了“保证金专用账户”，投标供应商开具的投标保证金和中标供应商开具的履约保证金都在此专户存储。
　　
　　按照行政事业单位财务规定，在退保证金时须开具财政、税务部门监制的资金往来发票。然而由于以下原因使企业没有资金往来发票，而开具税务发票又造成非应税项目纳税的情况，形成投标保证金无法退还的尴尬局面。
　　
　　无法开据资金往来发票的企业归纳为以下几种：第一类：北京市地税纳税企业无资金往来发票。《北京市地方税务局关于取消三种资金往来发票有关问题的通知》（文号：京地税征（２０００）５４４号）规定：自二零零一年四月一日起取消现行的《北京市工商企业资金往来专用发票》、《北京市房地产开发企业资金往来专用发票》、《北京市外商投资企业资金往来、调拨材料专用发票》；第二类：不是所有的国税企业纳税人都有资金往来发票。只有工商企业和外商企业发生除销售商品，提供加工以外的资金往来时使用；第三类：外地企业无资金往来发票。此类问题各省市情况不同，但不能提供资金往来发票的居多。
　　
　　随着政府采购规模的不断扩大，参加政府采购企业的不断增加，顺义政府采购中心经与财政监督和审计部门多次沟通，只能采取无资金往来发票的企业须携带投标或中标时政府采购中心所开收据，并另立新的收据加盖单位公章退还保证金，但从财务核算的角度讲，这只是权宜之计，顺义政府采购中心期待问题得到尽早解决。另据了解，此类企业在享受财政或政府补贴时，也面临不应税项目却需纳税的问题。