十多年来，我国政府采购制度改革发展日新月异，集采机构无疑发挥着操作执行主渠道的作用。然而，伴随着制度改革的快速发展，一些原本隐藏的矛盾逐步显现，部分需要在发展中摸索完善的问题也日益凸显。其中，关于集采机构职能定位的讨论从未间断，而这也是集采机构内部科室究竟该如何设置没有“标准答案”的根源。
　　
　　很多时候，政府采购运行体系操作不规范与集采机构内部科室设置有着千丝万缕的关系，而集采机构内部科室设置又与集采机构职能定位密切相关。
　　
　　科室设置各地不断探索
　　
　　十多年的政府采购实践证明，集采机构是政府采购主渠道。“虽然各级集采机构在不断开拓和创新中取得了显著的成绩，但只有规范、统一的政府采购流程制度，才能保证政府采购行为有章可循。”某政府采购业界权威专家表示。
　　
　　他进一步分析了目前各地政府采购运行体系操作不统一的现状：一是各级政府采购相关部门根据当地的情况和各自理解相继制定了实施细则，导致政府采购行为从开始到结束的整个流程和环节不规范、不统一；二是部分集采机构内部管理流程制度不健全，内部科室设置不合理，岗位职责分工不明确，责任落实不到位，增加了采购的风险；三是相关政府采购制度不健全、信息发布不透明、验收和监管机制不顺畅、供应商诚信约束机制不完善等问题制约着政府采购的运行、创新和发展。而大部分的问题都在政府采购活动的执行环节表现，为了达到最好的采购效果，为了确保机构自身的生存和发展，不少集采机构在相关法律法规仍不完善的情况下想尽各种办法、采取种种措施规范机构运作，内部科室的设置和调整只是其中的手段之一。
　　
　　科室设置应凸显集采职能定位
　　
　　目前，我国政府采购代理机构有两类，一类是由政府设立的集采机构，为非营利性的事业法人；另一类是经财政部门进行资格认定的社会代理机构，为营利性的中介公司。二者工作职责相似，但由于机构性质不同，两类政府采购代理机构的内部运作模式和工作思路也大有区别。
　　
　　就内部机构设置而言，据了解，除了一些国有大型招标代理公司，其他的社会代理机构普遍实行项目经理制，即一个招标项目由一名项目经理牵头完成，通常情况下，项目经理牵头的招标项目小组为临时性组织，招标项目完成时，该小组就可能解散或取消，且缺乏独立的监督部门来对其操作过程进行审核，政府采购执行的规范化程度因此受影响，采购代理质量自然也就参差不齐。
　　
　　而作为非营利性的事业法人，集采机构在组织架构、人员队伍建设等方面更持续和稳定，加之大部分集采机构已根据政府采购流程和各自的工作特点设置了专职科室，政府采购业务操作更规范。
　　
　　实践中，正是这个优势使得辽宁省政府采购中心赢得了信任，将药品采购纳入了采购工作范围，对此该中心主任段君明表示：“集采机构在软硬件方面优势突出，有完善的制度，规范的程序，先进的平台以及成熟的队伍，这样的资源优势使集采机构成为药品采购的最佳平台。”
　　
　　此外，在发挥政府采购政策功能方面，集采机构通过设置如中小企业合同担保等相关科室彰显了更大的优势。
　　
　　围绕现实目标优化科室设置
　　
　　业内人士纷纷呼吁，深化政府采购改革必须明确集采机构的职能定位，同时通过探索集采机构操作运行体系来规范集采机构内部科室的设置。“要强化集采机构的职能，必须把采购项目的立项审查、履约验收、评审监督等环节纳入职能范围。”湖北省某市政府采购中心主任表示。
　　
　　其实，相关办法对此已经指出了方向，集采机构内部科室设置必须围绕其要实现的目标展开。《关于进一步加强政府采购管理工作的意见》（国办发［2009］35号）要求，集采机构要建立健全内部监督管理制度，实现采购活动不同环节之间权责明确、岗位分离。要重视和加强专业化建设，优化集中采购实施方式和内部操作程序，实现采购价格低于市场平均价格、采购效率更高、采购质量优良和服务良好。财政部国库司司长翟钢在2011年全国GPA谈判应对工作暨政府采购工作会议上也指出，集采机构要通过专业化操作，将法律、法规和财政部门制定的各项规章制度落实到每项具体采购活动中，确保采购各个环节程序规范。