按货物、工程、服务项目的类别不同设置科室的模式是我国政府采购改革初期大部分集采机构都实行的模式。在政府采购改革初期，这种模式因其职责清晰、操作便捷、效率较高，成为了许多集采机构的不二选择。然而，随着集采机构内部改革的深入，这种模式遭遇了来自按采购流程设置内部科室模式的挑战。
　　
　　目前，我国政府采购制度改革已经由研究探索阶段、初创阶段进入全面发展阶段。即便如此，仍有不少集采机构“坚守”按采购项目类别设置内部科室这种模式，中央国家机关政府采购中心便是其典型代表。中央国家机关政府采购中心各处室的分工为：采购一处主要负责IT类电子产品的采购，采购二处主要负责汽车、货物以及服务类采购，采购三处主要负责工程类的采购。这也从另一个侧面说明这种“最初的模式”有其独到的优势。
　　
　　术业有专攻 服务更专业
　　
　　“以项目类别设置内部科室，最明显的优势就是采购专业性强。一个工作人员长时间操作同一类项目，能够更系统地了解此类项目的技术特点、市场情况，这个工作人员也会更深入地钻研有关此类项目的法律规范，以最专业的业务技能将项目操作得最符合政府采购需求。”中央国家机关政府采购中心一位工作人员如是说。
　　
　　在他看来，按项目类别设置的集采机构虽然没有将项目的招标评审从采购环节中分离开来，但这并不代表没有内控机制。因为不少按项目类别设置内部处室的集采机构都会单设一个采购监督部门审核采购全流程的操作规范性。中央国家机关政府采购中心就专门设置了一个采购监管处对采购过程进行监督。
　　
　　无独有偶，吉林省政府采购中心的一位从业人员也表示，集采机构按项目类别进行内部科室的设置可以使采购更高效、更畅通、更专业。按项目类别设置内部科室可以让标书制作人员操作起来更加得心应手。
　　
　　一夫当关 “合谋”风险大
　　
　　有句话说，“一夫当关，万夫莫开”。按项目类别设置集采机构内部科室是否也存在类似的问题？也有不少从业人员存在这种疑问，认为按项目类别进行内部科室设置不是很科学。
　　
　　陕西省政府采购中心主任李健就表示，陕西省政府采购中心以前也是按照项目类别设置科室，但经办人如果只负责货物类的采购工作，轮岗的时候可能就无法胜任工程类或者服务类的采购工作。此外，货物的采购量往往较大，而服务和工程类的采购量相对较少，也存在工作量不均的问题。
　　
　　山西省省级政府采购中心主任赵建新也表示，如果某个集采机构本身承担的工作就相对较少，按项目类别设置机构就有可能出现某些部门过分忙碌、某些部门无事可做的情况，这也是一种资源的浪费。
　　
　　“按照项目类别进行设置的优点在于项目负责人可以对项目进行全程的参与和了解，能够在采购人和供应商之间进行很好的沟通协调，便于项目的实施。这种模式满足工作需要没有问题，但是在监督和相互制约上要差一些。”山西省大同市政府采购中心副主任孟冰山如是说。
　　
　　在不少从业人员看来，按项目类别分类设置后，集采机构内部各科室之间不能形成有效的相互制约，可能会增大项目经办人与供应商之间“合谋”的几率和风险。因为在长期的采购活动执行过程中，某个部门负责的采购项目从信息发布、标书编制，到开评标，再到合同的签订、履约验收等整个采购流程均由一两个人来完成，对于供应商而言，“公关”的目标和成本相对较小。