虽然存在五种集采机构内部科室设置的模式，但据不完全统计，按采购流程和采购项目类别这两种方式进行内部科室设置的集采机构占主流。《政府采购信息报》记者还发现，近年来，越来越多的集采机构开始对按采购流程设置的模式“情有独钟”，以前不少按采购项目类别进行内部科室设置的集采机构都调整了内部科室的设置模式，改成了按照采购流程来设置。
　　
　　从按类别转为按流程 加强内控
　　
　　据内蒙古自治区政府采购中心主任刘恒斌介绍，内蒙古自治区政府采购中心成立之初，内设综合、货物、工程和服务等4个处室。“经过一段时间的运行，我们发现按照项目类别划分科室存在很多弊端。一是每个采购项目只由一个科室承办，不利于相互制约；二是货物类采购量占70%以上，各科室工作量悬殊较大；三是办理环节不透明，操作程序粗，很多细节问题不容易被发现，而问题往往都出在细节上。”刘恒斌如是说。
　　
　　因此，内蒙古自治区政府采购中心2006年对内设科室的名称和工作职能进行了调整。原来的货物处和工程处更名为采购业务一处和采购业务二处，采购业务一处负责制定采购工作计划、组织论证采购方式及送审、拟定招标信息、编制采购文件及备案、发售招标文件及澄清、答疑、变更通知等；采购业务二处负责接收投标文件、组织开标和评标、公示预中标结果、与采购人确定最终中标供应商、发中（落）标通知书、组织合同签订及后期服务等。
　　
　　按照采购流程设置内部科室的北京市政府采购中心副主任任京萍表示，此种机构设置方法确实起到了一种相互制约的内控作用。标前、标中、标后环节相互分离，相互制约，公平、公正更容易实现。
　　
　　“分段式”如衔接不畅影响效率
　　
　　“分段式模式对于工作效率的影响主要体现在工作的衔接上，采购人可能需要跟多个人、多个科室打交道。如果工作衔接不畅，就会降低工作效率。”刘恒斌分析道。
　　
　　在采访中，许多人对按采购流程设置内部科室给予了充分肯定，但也有不少从业人员对其采购效率表示怀疑：“由于采购中心内部分管各科室的主任不同，各业务科室的汇报对象就不同，部门之间虽然形成了相互制约的机制，但如果不充分、及时地进行沟通，就很容易造成对彼此工作的不理解，偶尔还会在各环节过渡阶段出现没人管的真空地带，从而影响采购效率的提高。”
　　
　　为了提高采购效率，按采购流程进行内部机构设置的山西省省级政府采购中心将科室进行了合并。据了解，该采购中心实行分段操作后，刚开始是将“标前”的项目受理和编制招标文件等工作、“标中”的开评标工作和“标后”的采购合同签订以及项目验收与文件归档分别交给了3个不同处室来负责。他们现在则是将“标前”和“标中”两个环节合并交给同一科室办理，减少了分段数。
　　
　　山西省省级政府采购中心副主任穆恩科证实，科室合并之后，评审环节与“标前”一系列环节不再分离，采购阶段之间的相互制约机制被打破，规范把关任务交给了采购监督处，就目前看来效果还不错。但这样进行机构设置也带来一个难题，那就是原有负责“标前”、“标中”、“标后”事宜的工作人员分出一部分进行采购监督，工作量不变，而人员却减少了，因此每个人的工作担子大大加重了。
　　
　　按流程划分应增设监察部门
　　
　　“对于采购项目复杂程度较高，采购量较大的集采机构，分段式的效果更显著，而对于采购项目较为单一，采购量较小的机构，这种设置方式有时反而显得效率不高。”宁夏回族自治区政府采购中心相关负责人认为，分段式模式不一定适合所有的集采机构。
　　
　　据了解，宁夏回族自治区政府采购中心最初按照类别来设置部门采购科室，后来为了实现内部制衡，改为“分段式”模式，运转了一段时间后觉得效果并不理想，产生了改回按项目类别划分科室的想法。
　　
　　部分业界人士表示，按照采购流程设置内部科室，各科室之间虽然能形成相互制约的机制，但容易在业务环节的过渡阶段出现管理的真空地带。也许正是为了避免出现监管的真空地带，沈阳市政府采购中心在按照采购流程设置4个内部处室的同时，又增设了一个独立的监察处，对采购业务的每个环节实时监察。监察处在对外业务上负责处理政府采购的质疑投诉事项，对内也进行检查考核，加强了重点监控，从而提高了队伍的安全性。
　　
　　记者手记
　　
　　呼吁新模式
　　
　　对于目前集采机构最流行的两种内部机构设置情况（按照采购类别设置和按照采购流程设置）谁优谁劣，业界并没有定论。江苏省政府采购中心主任顾岳良认为：“不能说哪种设置就一定是最合理的，因为未来的实践肯定会产生更好的模式，这种模式应该既有利于动态的风险控制又有利于更专业地进行工作。”
　　
　　也正是这样，围绕《政府采购法》中“集中采购机构应当建立健全内部监督管理制度。采购活动的决策和执行程序应当明确，并相互监督、相互制约。经办采购的人员与负责采购合同审核、验收人员的职责权限应当明确，并相互分离”的这一要求，广大集采机构还在实践中不断探索，一些业界专家也在积极思考。
　　
　　在《政府采购信息报》记者的采访过程中，就有业界专家提出了这样的观点：集采机构在内部科室的设置上，可以先根据采购内容来设置，并在此基础上，再据采购流程来进行内部分工，这样既可以解决效率的问题，也可以实现在采购过程中的相互制约。但也有专家认为，在这种情况下，一个项目往往还是在一个科室内部完成的，制约性还是不太强。
　　
　　持这种观点的专家建议，先按照采购流程进行科室的设置，在此基础上再进行更专业化的分工。如将内部机构设置为接受项目委托部、标书制作部、开标评标部、合同履约监管部。其中，再将标书制作部按内容分成货物、服务和工程等不同的科室。这样才能既实现采购过程的相互制约，又能提高采购的专业化水平。因为接受委托需要走怎样的程序、开标评标需要遵守怎样的纪律由专人去完成，可以让他们越来越熟悉操作中的流程，时间长了一般不会出什么大错了。而在标书制作方面，不同类别的项目会有不同的技术要求，需要有不同的专业人才去制作和把关相应的标书，因此，标书制作部下面再按采购类别分成小的部门就显得尤为必要了。