2001年起，中央财政设立边境地区转移支付。遵循“管边控海、海陆并重”的原则，补助对象覆盖内蒙古、辽宁、吉林、黑龙江、广西、云南、西藏、甘肃和新疆等9个陆地边境省区以及福建、厦门、山东、广东、海南、大连、浙江、宁波等8个沿海省市，共250个县市。补助内容包括陆地边境事务补助、海洋管理事务补助等方面。2014年中央对地方边境地区转移支付规模达到120亿元，比2013年增长11.1%。